合成等诸多生化反应，能维持肠道正常环境、调节免疫功能。利用DNA测序技术，人们发现不同人群的肠道菌群组成不尽相同，这种差异可能与肠道炎症、肥胖等疾病的易感性有关。
肠道菌群与人体免疫、代谢息息相关，那肠道菌群是否会对疫苗的有效性产生重要影响呢？加拿大不列颠哥伦比亚大学的Ferreira教授领导的小组最近提出假说，认为人体微生物组可能对疫苗疗效产生重要影响。这一假说也许能解释不同人群间疫苗疗效的差异性。多个临床试验显示，欠发达地区个体对同一种口服疫苗的免疫原性较发达地区个体低。例如，尼日利亚儿童对同一种灭活霍乱疫苗的抗体反应要低于瑞典儿童。Lagos和他的同事认为，欠发达地区儿童肠内细菌过量可能导致对疫苗反应性降低。另一项研究中，某种痢疾杆菌疫苗对孟加拉民众并无显著作用，但同样的疫苗却在北美人群中有效。社会环境因素、营养状况、人体基因、早期接触抗原或多或少能解释不同人群对同一种疫苗的疗效差异性。但肠道菌群在其中扮演的角色并未受到应有的重视。我们能否提出这样的假设：欠发达地区人体内肠道微生物群接触病原体机会多于发达地区，它们对这些抗原产生耐受的概率更高，对疫苗产生的免疫反应也就自然不如发达地区好。
人体自身基因与肠道微环境都可能与疫苗疗效有关，要分清二者孰轻孰重并非易事，需要全球范围内的大型临床试验支持。在移民志愿者中进行相关研究或许是个不错的选择。虽然目前对这一问题并没有明确答案，但现有实验中的证据表明肠道菌群组成与机体对某些疫苗的免疫反应有直接关系。Isolauri等人的研究表明，短期服用某些益生菌能提高人体对轮状病毒疫苗、脊髓灰质炎疫苗等多种口服疫苗的抗体反应。Kukkonen等人甚至发现服用益生菌能加强婴儿对白喉、破伤风、B型流感嗜血杆菌、乙肝疫苗等肠外疫苗的免疫反应。遗憾的是，上述实验均缺乏长期跟踪，要确定益生菌最小有效剂量亦需要进一步研究。
另外还有研究发现，益生元也能提高口服疫苗免疫反应。Benyacoub等发现，低聚果糖能提高小鼠对沙门氏菌疫苗的疗效。可惜这项研究并未对服用益生元前后肠道菌群组分作具体分析，说服力不够。Vos等人的研究表明，益生元（半乳糖和低聚果糖混合物）能改变肠道菌群组成，从而增强小鼠对流感疫苗反应。
虽说越来越多的证据都将肠道菌群与疫苗疗效联系在一起，但这方面的研究才刚刚起步，人们并不清楚益生菌、益生元是通过何种机制提高疫苗疗效的。动物模型固然重要，要完全弄清共生菌与疫苗疗效的关系需要更多世界各地的人类志愿者参与研究。如果能在疫苗研发中考虑不同人群肠道菌群差异性，我们也许能开发出更有针对性的产品，在人类与病原体的对抗中占得先机。

原文：RosanaB.R.Ferreira,L.CaetanoM.Antunes,B.BrettFinlay.(2010)ShouldtheHumanMicrobiomeBeConsideredWhenDevelopingVaccines.PLOSPathogens:e1001190">【进展|热点】人体微生物组与疫苗疗效相关